Nacque a Bologna il 21 gennaio 1814 da Pietro Audinot d?Auxonne e da Veronica Devaux; studiò inizialmente sotto la guida di P. Costa, quindi si iscrisse alla facoltà di giurisprudenza. Partecipò, con la carica di luogotenente della guardia civica, ai moti del 1831; il 20 gennaio del 1832 prese parte alla battaglia del Monte di Cesena contro le truppe pontificie. Esule a Parigi si dedicò agli studi delle scienze politiche ed economiche, ed istaurò rapporti con altri esuli italiani. Tornò a Bologna per occuparsi dell?azienda di famiglia; fu nominato direttore di una casa commerciale in accomandita e, riacquistata l?agiatezza, riprese l?attività politica. Partecipò al gruppo che si riuniva in casa Berti Pichat per trattare di agricoltura e che, dopo l?elezione di Pio IX, si trasformò in circolo politico. Fondò, nel 1847, insieme al Minghetti, al Berti Pichat e al Montanari, il Felsineo; nel gennaio del 1848 fece parte della delegazione inviata dal Pontefice per chiedere alcune riforme, dimostrandosi un moderato. Nominato membro del Consiglio dei deputati nel 1848 partecipò attivamente alle sue sedute; nel dicembre del 1848 fu fra quelli che si opposero con vigore al suo scioglimento. Si candidò, poi, per esser nominato membro dell?Assemblea Costituente Romana, allo scopo di arginare le tendenze estremiste. Eletto, prese parte alla seduta dell?8 febbraio del 1849 e, condividendo in parte la proposta del Mamiani per cui ?l?Assemblea Nazionale dichiara che rimette alla Costituente italiana il decidere dell?ordinamento politico dello Stato Romano?, propose: ?L?Assemblea dichiara per sempre impossibile il Governo papale ed ogni altro Governo quando non riconosca la base e l?origine della propria autorità nel voto espresso dalla sovranità nazionale?.?L?Assemblea convoca pel primo marzo in Roma la Costituente italiana?.
?L?Assemblea rimette alla Costituente italiana il definire la forma politica del Governo romano?.
?L?Assemblea dichiara che, se il primo marzo la Costituente italiana non sarà riunita in Roma, l?Assemblea romana procederà sola a regolare il reggimento dello Stato romano?.
?L?Assemblea nomina un potere esecutivo che sarà suo braccio e con lei governerà lo Stato?.
?L?Assemblea romana, con apposito manifesto ai popoli italiani, convocherà la Costituente e farà conoscere ai medesimi tutti i motivi di incompatibilità sul potere sacerdotale, e la situazione attuale dello Stato romano? ( Le Assembl. del Risorg. ).

Contro le proposte del Audinot ci fu un vivace intervento del Filopanti : ?Io desidero di analizzare che cosa vogliamo noi esprimere. Noi qui vogliamo esprimere che la Repubblica Romana debba avere la nazionalità col resto d?Italia?…Oppure vogliamo esprimere qualche cosa sopra la Costituente italiana? Bisogna distinguere bene queste due cose. Io crederei che della Costituente italiana non ci sia luogo a parlare, ma ci sia molto luogo a parlare della nazionalità? Non vogliamo parlare della Costituente, perché non sappiamo quello che si farà; noi vogliamo proclamare la nazionalità; che l?Italia sarà sempre nazione e che la Repubblica romana sarà sempre un elemento integrante di questa Nazione? ( Le Ass. del Risor. ).
L?intervento del Filopanti fu approvato e condiviso dalla maggioranza (ciò fu importante perché gli obiettivi e le decisione riguardanti il futuro dello Stato romano dipendevano esclusivamente dall?Assemblea). La proposta dell?Audiniot, pertanto, fu respinta; ma il deputato, coerente col proprio pensiero, votò l?art. 1 del decreto Filopanti, che dichiarava decaduto il papato dal governo temporale dello stato Romano, invece votò contro l?art. 3, che proclamava la Repubblica. Proclamata la Repubblica, l?Assemblea deliberò che avrebbe governato per mezzo di un Comitato Esecutivo di cui facevano parte Carlo Armellini, Montecchi e Aurelio Saffi, che si dichiararono decisi ?ad estirpare ogni reliquia del clericale sistema, e a svincolare l?istruzione dalle clericali influenze? e a provvedere all?elevazione del popolo. L?Audinot partecipò attivamente alle sedute della Costituente Romana proponendo diversi emendamenti ed, inoltre, sostenne l?emendamento proposto dal Grillenzoni, per cui ?la religione cattolica è la religione della gran maggioranza dei cittadini della Repubblica?, affermando che ?quando noi diciamo che la religione cattolica è la religione dello Stato, ci si offre tosto il significato che ha ottenuto questa frase nelle Costituzioni di altri paesi, e quindi si può intendere che la religione cattolica, che il culto stesso di essa rimangano subordinati allo Stato. A tale subordinazione della religione per parte mia mai acconsentirei, poiché voglio la religione totalmente libera ed indipendente? ( Le Assembl. del Risorg. ).
Caduta la Repubblica Romana si rifugiò in Toscana donde fu scacciato, nel 1850, su richiesta del governo Pontificio. Si trasferì allora a Genova dove visse fino al 1859 dedicandosi all?attività giornalistica e politica in favore dell?indipendenza italiana. Fu nominato da L.C. Farini membro della commissione per la riforma del Codice Pontificio; fu, poi, deputato e vice presidente dell?Assemblea dei popoli delle Romagne; il 7 novembre del 1859 fu relatore della proposta di eleggere reggente il principe di Carignano. Fu favorevole alla proposta del Farini di riunire gli Stati dell?Italia centrale in uno solo. Fu eletto, dopo l?annessione, deputato alla VII legislatura per il 5° collegio di Bologna e il 25 marzo del 1861 pronunciò il celebre discorso sulla questione romana, provocando, due giorni dopo, la risposta di Cavour. Nella VIII legislatura fu eletto a Vergato e a Imola. Rieletto nella XIII legislatura per Castelmaggiore diede le dimissioni il 16 luglio 1864, in seguito all?inchiesta sulle ferrovie meridionali, del cui consiglio era membro; da tale inchiesta ne uscì senza macchia ed il 6 febbraio del 1870 fu eletto senatore. Morì a Bologna il 30 marzo del 1874.